À propos

Les ignames (Dioscorea spp.) sont des plantes à racines et tubercules essentielles, dont dépendent plus de 500 millions de personnes dans le monde. Leur amélioration génétique accuse pourtant un retard sur celle des céréales et des autres cultures vivrières, pour des raisons biologiques, agronomiques et logistiques. Pour lever ces obstacles, le CIRAD a créé YamHub, plateforme internationale dédiée à la recherche et à la sélection de l’igname. Basée en Guadeloupe, elle associe multi-omiques, phénotypage à haut débit et collaboration internationale, avec des partenariats solides dans le monde entier, en particulier en Afrique de l’Ouest. La plateforme entretient une collection variétale diversifiée, développe des ressources génomiques et phénomiques, et met en œuvre des technologies de phénotypage et des outils de sélection avancés. En reliant les réseaux de recherche tropicaux et européens, YamHub sert de pôle collaboratif pour l’innovation, le transfert de technologie et le renforcement des capacités, afin de proposer des variétés d’igname résilientes au climat et de qualité, au service de la sécurité alimentaire et d’une agriculture durable.

Localisation

Deux sites pédoclimatiquement contrastés pour l’évaluation de l’igname en Guadeloupe (Roujol et Godet).

Idéalement situé sur la station de recherche du CIRAD en Guadeloupe, YamHub réunit des conditions agro-écologiques tropicales, une diversité variétale exceptionnelle et les standards de la recherche européenne.

Roujol (CIRAD station)

  • Types de solandosols et ferralsols riches
  • Pluviométriede 2 000 à plus de 5 000 mm/an
  • Température24–28 °C
  • Culture principalebananier
  • SaisonnalitéSaison sèche (janvier à mai) et saison humide (juin à décembre)

Godet (INRAE station)

  • Types de solcalcisols et vertisols
  • Pluviométrieenviron 1 000 à 1 500 mm/an
  • Température25–30 °C
  • Culture principalecanne à sucre
  • SaisonnalitéSaison sèche (décembre à mai) et saison humide (juin à novembre)

Germplasm Diversity panel

YamHub entretient une collection au champ de 250 accessions issues de 30 pays, représentant sept espèces cultivées majeures. Cette diversité est une ressource essentielle pour étudier la biologie de la plante et l’architecture génétique des caractères clés. Toutes ces ressources sont également conservées in vitro.

  • Dioscorea alata 189
  • Dioscorea rotundata 30
  • Dioscorea esculenta 10
  • Dioscorea trifida 10
  • Dioscorea cayenensis 3
  • Dioscorea dumetorum 2
  • Dioscorea bulbifera 6

Populations de cartographie

YamHub a développé 10 populations biparentales de cartographie, soit plus de 1 200 hybrides. Elles sont essentielles au repérage des QTL, à l’analyse génétique et à l’accélération des programmes de sélection.



Phénotypage

  • Phénotypage à haut débit par SPIR
  • Équipements d’écophysiologie
  • Phénotypage à haut débit par drone
  • Vaste base de données de phénotypage
  • Métabolomique par CLHP

Projets en cours


Financé par FEDER EU
TAESA

TAESA : un grand projet européen d’appui à la transition agroécologique en Guadeloupe

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Financé par ANR, France
EVOSEXYAM 

Explore les bases génétiques et évolutives de la détermination du sexe et de la diversité des chromosomes sexuels chez l’igname

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Financé par EU HORIZON
ROTATES

Projet européen de recherche et d’innovation, piloté par le CIRAD, visant à renforcer l’agrobiodiversité et les services écosystémiques

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Financé par INTERREG EU
CARIBIODIV

Renforcer la capacité d’innovation des institutions caribéennes de recherche agricole et forestière

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Horizon Europe

7 July, 2025

Horizon Europe

Horizon Europe renews its confidence in the scientific expertise of Cirad

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Ministry of Agriculture Saint Lucia
The Ministry of Agriculture Saint Lucia

20 Yam Varieties to Boost Food Security and Crop Diversity

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Réalisations et perspectives

Catégorie Réalisations Perspectives
Ressources génétiques et collections
  • 250 accessions d’igname conservées en Guadeloupe, représentant 7 espèces cultivées deDioscoreaet 30 pays
  • Intégration au CRB-TP voisin, donnant accès à une diversité mondiale unique, en particulier l’igname américaine (D. trifida)
  • 10 bi-parental populations (1,200 hybrids)
  • 20 elite lines developed
  • Élargir la collection aux espèces sous-représentées et aux apparentés sauvages
  • Développer des populations interspécifiques et amorcer la pré-sélection
  • Développer davantage de lignées élite
Plateformes au champ et phénotypage
  • Évaluation multi-sites en Guadeloupe (Roujol, Godet, réseau de plus de 70 producteurs)
  • Phénotypage par drone à haut débit (RVB et multispectral) sur tout le cycle
  • NIRS phenotyping
  • Investigate tuber filling mechanisms (phloem organization & transport capacity)
  • Study floral sex determination
  • Développer des chaînes d’analyse temporelle à grande échelle avec des modèles d’IA
Ressources génomiques
  • Reséquençage du génome entier de 250 accessions
  • Génome de référence mâle résolu par haplotype deD. alata
  • Assemblages de génomes en cours pour 5 espèces supplémentaires
  • Atlas du transcriptome à partir de 17 tissus deD. alata
  • Cartes génétiques et marqueurs SNP
  • Databases:
  • Finaliser les pangénomes à l’échelle de l’espèce pourD. alata et D. rotundata
  • Développer un super-pangénome de l’igname
  • Intégrer données génomiques et phénomiques dans une plateforme unifiée
Trait Dissection & Prediction
  • GWAS et cartographie de QTL pour la phénologie, le rendement, la résistance aux maladies et la qualité du tubercule
  • Modèles de prédiction inter-saisons à partir de données SPIR et génomiques
  • Prédiction multi-omique combinant SPIR, génomique et phénotypage par drone
  • Déploiement de modèles pilotés par IA dans la sélection de l’igname
Sélection et collaboration internationale
  • Réseaux de sélection participative avec des partenaires d’Afrique et de la Caraïbe
  • Échanges actifs avec universités et instituts de recherche
  • Renforcer les filières internationales de sélection pour des variétés résilientes au climat et résistantes aux maladies
  • Diffuser davantage de lignées élite
  • Co-construire des formations et programmes de renforcement de capacités en accès libre

Trainings

  • 12

    Phd

  • 30

    Msc

  • 22

    Bsc

Ongoing research topics
  • NIRS-based phenomic and genomic prediction in yams
  • Development of pipeline of drone-based yam phenotyping and phenomic prediction
  • Large-scale genome-wide association studies for key agronomic traits in yam
  • First genetic map of a tetraploid Dioscorea alata population
  • QTL mapping for phenological and yield-related traits in Dioscorea alata
  • Genomics and phenomics-driven breeding for yam performance and tuber quality is enhanced by farmers’ and consumers’ traditional knowledge
  • Pan-genome and super pangenome development of Dioscorea
  • Genetic diversity and evolution of Dioscorea alata
  • Genetic diversity of Togolese yam collection and establishment of breeding pipelines
  • Genome assembly and insight into sex determination and bulbil formation in Disocorea bulbifera
  • Enhancing the lesser yam (Dioscorea esculenta) through genomics assisted breeding
  • Genome assembly of Dioscorea cayenensis illuminates its complex architecture and probable parents
  • Improved genome assembly of Diosocorea dumetorum sheds lights on unique sex determination system
  • Flowering induction in yams
  • Sex chromosome evolution in yams
  • The American yam (Dioscorea trifida) genome sheds light on the molecular basis of its high sensitivity to viral infections